Sau cuộc đảo chính lật đổ Bokassa mang tên "Operation Barracuda" diễn ra ngày 20/9/1979, phần lớn tài sản của Bokassa đều bị tịch thu. Nhiều nước từ chối cho ông tị nạn. Chỉ có Tổng thống Bờ biển Ngà là Felix Houphouet Boigny chịu chứa chấp ông vì áp lực của Pháp. Đến lúc ấy, nhiều  tội ác của Bokassa mới bị phanh phui. Tại Villa Kolongo, ngoài hàng trăm viên kim cương và đồng hồ đeo tay bằng vàng ròng, còn có những chiếc tủ cấp đông bên trong chứa xác người, phần lớn là các lãnh tụ sinh viên tranh đấu chống Bokassa. Dưới hồ nước, cũng có rất nhiều xương người. Phe đảo chính khẳng định rằng những bộ xương ấy là phần còn lại sau khi Bokassa đã ăn thịt người để trường sinh.

Kết thúc

Về cuối đời, Bokassa viết cuốn hồi ký "Ma Verité" - Chân lý đời tôi - nhưng chưa kịp xuất bản thì đã bị Chính phủ Pháp thu hồi. Tết năm 1985, Bokassa làm lễ kỷ niệm 20 năm cầm quyền tại lâu đài Handricourt nằm ở phía tây Paris nhưng chỉ có ông và những đứa con.

Trên bức tường trong đại sảnh, Bokassa cho trưng bày chân dung Hoàng hậu Catherine, Hoàng đế Napoléon và bức ảnh trận Điện Biên Phủ. Vì không có tiền mua thức ăn nuôi 15 đứa con, mỗi đứa một mẹ, nên Bokassa làm đơn xin Chính phủ Pháp tiền trợ cấp thời gian 6 tháng nằm điều trị vết thương tại một quân y viện ở Sài Gòn hồi thập niên 1950. May thay, vài tháng sau ngày gửi đơn, Bokassa được tòa án trả lại chiếc ôtô Corvette và một máy bay trị giá 6 triệu franc. Lập tức, Bokassa rao bán để lấy tiền trốn chạy khỏi nước Pháp.

Trước khi bỏ trốn, Bokassa viết thư cho Tổng thống Pháp là Francois Mitterand, nội dung tự nhận mình là "công dân tự do" trở về Cộng hòa Trung Phi và sẵn sàng  phục vụ đất nước nếu có lời mời. Lúc xuống sân bay Bangui, Bokassa định đọc một bài diễn văn, khẳng định mình vẫn là "Hoàng đế Bokassa Đệ nhất" thì bị an ninh Pháp phát hiện và bắt giữ. Tám tháng sau, Tòa án Cộng hòa Trung Phi tuyên bố xử tử hình ông ta. Biện hộ trước tòa, Bokassa nói ông bị buộc tội chỉ vì ông là người châu Phi. Được giảm xuống còn tù chung thân nhưng chỉ sau 6 năm nằm nhà đá, Bokassa được tha.

Bokassa chết ngày 3/11/1996 trong sự nghèo khó, túng quẫn. Vài năm trước khi mất, ông luôn mặc bộ quân phục "Thống chế Cộng hòa" với 7 hàng huy chương, huy hiệu thời Napoléon. Dù ở trong nhà hay ra đường, trên tay Bokassa lúc nào cũng có cây gậy chỉ huy mà ông ta gọi là "cây gậy công lý - canne de justice". Lúc chết, ngoài cây gậy, tài sản duy nhất của "Hoàng đế Bokassa Đệ nhất" chỉ là một bộ quần áo màu trắng mà Bokassa cho rằng nó có xuất xứ từ Jerusalem.